En el departamento de Caldas hay registradas unas 321 especies, entre dicotiledóneas, monocotiledóneas y helechos. De estas especies 70 se encuentran solamente en ecosistemas boscosos, 105 en páramos, 27 en zonas de transición ectónos, 29 se presentan en dos ambientes y 19 en todos los ambientes.

Los páramos de Salamina tienen una cobertura de 14,72 hectáreas y los bosques de  140,25 hectáreas. En los bosques se presenta una vegetación con árboles de copas medianas que tienen una altura hasta de 15 metros, además de mugos, líquenes y una composición florística conformada por 44 familias de 95 especies.

En los páramos se encuentran frailejones típicos de este tipo de hábitat, además de pajonales de gramíneas en macolla, matorrales y gran variedad de arbustos, con predominio de elementos leñosos; hay 35 especies, 32 géneros y 19 familias que pertenecen a dos familias de monocotiledóneas, 15 de dicotiledóneas y dos de helechos. Debido a la a aparición de nuevos campos agrícolas en este lugar, algunas plantas han venido desapareciendo y otras tantas se conservan en pequeñas familias.

Desde el páramo hasta el superpáramo hay pajonales, vegetación herbácea dominada por gramíneas en macollas. Algunos tienen la presencia de arbustos y otros presentan rosetas.

La vegetación más vista en Salamina es:

Prado: vegetación con predominio del estrato rasante o en algunos casos con un estrato herbáceo pobre en cobertura.

Rosetales: vegetación con predominio de rosetas como algunas especies de género Puya.

Vegetación de pantano: vegetación con predominio del estrato rasante o en algunos casos con un estrato herbáceo pobre en cobertura. En algunos casos se presentan colchones o almohadillas conformadas por especies de oreobulus y azolla, entre otras.

Frailejonal: vegetación con predominio de plantas caulirosas, está dominado por especies del género espeletia.

En cuanto a la fauna de la región, se destacan 11 tipos de especies de anfibios, 22 tipos de mamíferos pertenecientes a 15 familias, entre los que están el puma, el tigrillo, el guache, los osos de anteojos que son simbólicos y que buscan ser rescatados, y una gran cantidad de ratones de páramo, especie que es muy común debido a la altura y la característica montañosa de la zona.

En los ecosistemas de la montaña se han visto 88 especies de aves, entre las que se encuentran el pato media luna (Anas Discors) y el picogordo, que resultan siendo aves migratorias. Más del 85% de las especies de aves habitan en el bosque y páramos de Salamina.